鹿特丹在历史上几经兴衰。它原本是鹿特河附近的渔村，该河古时从南荷兰的沼泽地区流入马斯河，鹿特丹因鹿特河而得名。1250年在马斯河北岸修建堤坝，用闸门将鹿特河与马斯河隔开。1340年荷兰伯爵威廉四世治理鹿特丹时，挖掘运河与代尔夫特和莱顿相通，使鹿特丹开始繁荣起来。1563年城市大部分曾被大火破坏。1572年鹿特丹被西班牙军队占领和掠夺，几个月以后西班牙人撤退。当时有许多来自比利时安特卫普的商人和工匠在鹿特丹定居下来，使鹿特丹进入一个恢复发展时期。
到了16世纪，鹿特丹城市建设逐步发展，在泥沼地上挖掘出了许多港口，为对外交通和贸易奠定了基础。到18世纪，鹿特丹的对外贸易更为蓬勃兴旺，集中对法国和英国开展贸易，当时也有船只远航到印度尼西亚和美国。到19世纪，鹿特丹在转口贸易方面的地位日益重要。由于德国在1870年统一，在莱茵地区，特别是在鲁尔地区实行工业化，使鹿特丹也相应地得到发展。
随着资本主义经济迅速发展及苏伊士运河的通航，特别是1877年铁路接通南部市区和1895年建成通往北海的运河新河道，使其运输条件大为改善。城市的扩展，港口运输网络的建立，四通八达、纵横交错的河流和运河联为一体，至20世纪初鹿特丹一跃而成为荷兰第一大港，世界上设备最好的港口之一。
第二次世界大战期间，鹿特丹遭受了巨大损失。1940年5月14日，德国空军对这座城市狂轰滥炸，整个市中心和东部广大地区完全被破坏，包括建于15世纪的圣劳伦斯大教堂在内的许多公共建筑物被炸成一片瓦砾。只有市政府、邮政总局、股票交易所、波伊曼斯博物馆等建筑残留下来，幸免于难。鹿特丹的瓦尔港机场(欧洲第一民用机场)也遭到破坏。1944年秋季，德军撤退时还大肆破坏城市设施，如总长为7700多米的远洋货轮码头区和约百分之40的码头设备遭到破坏。
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