一、性质不同
1、普通水稻性质：稻属谷类作物。
2、杂交水稻性质：选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种。
二、栽培技术不同
1、普通水稻：
（1）整地
种稻之前，必须先将稻田的土壤翻过，这一过程分为三个阶段：粗耕、精耕和覆层整平。过去用畜力和犁具，主要是水牛犁，现在用的更多的是机器犁。
（2）育苗
农民首先在某一块地上种苗，这片地通常被称为苗圃。水稻播种后，大多数农民会在土壤上撒上一层稻壳灰。近代，专门的秧苗中心用秧箱种水稻秧苗。良好的秧苗是水稻生产成功的关键。苗木高度在8厘米左右时，可进行移栽。
（3）插秧
将秧苗仔细的插进稻田中，间格有序。传统的插秧方法是用绳子、记号或轮子在稻田里作记号。用手插秧时，左手拇指上会戴一个水稻秧苗切割器，帮助农民把秧苗分开，插到土里。
移栽的气候非常重要。大雨会损坏幼苗。现代插秧机很多，但在起伏大、形状不方的水田，仍需人工插秧。幼苗倾向于南北。抛秧比较方便。
（4）除草除虫
秧苗成长的时候，得时时照顾，并拔除杂草、有时也需用农药来除掉害虫（如福寿螺）。
（5）施肥
分蘖期是指秧苗长出第一根水稻茎时的分蘖期。在这一时期，为了使水稻幼苗健康生长，促进未来稻米品质的丰满和数量，常常需要施肥。
（6）灌排水
水稻比较依赖这个程序，旱稻的话是旱田，灌排水的过程较不一样，但是一般都需在插秧后，幼穗形成时，还有抽穗开花期加强水分灌溉。
（7）收成
当稻穗垂下，金黄饱满时，就可以开始收成，过去是农民一束一束，用镰刀割下，再扎起，利用打谷机使稻穗分离，现代则有收割机，将稻穗卷入后，直接将稻穗与稻茎分离出来，一粒一粒的稻穗就成为稻谷。
2、杂交水稻：
（1）整地。生产中严格按要求整地，做到边面平整，无杂草，排灌通畅，无积水。开挖沟宽0.6m，深0.1m，边宽4-6m。
（2）适时早播。合理安排播期是保证水稻直播整秧和安全抽穗的关键措施。
（3）选种。选育高产、抗病、优质品种，可提高产量和经济效益。良好的种子消毒和发芽能减少病虫害的发生。
（4）浸种。一般情况下，浸种12-18小时不发芽，直接播种和湿苗播种效果较好。
（5）催芽。发芽过程中应控制适宜的温度、水分和换气量。水稻种子萌发的最适温度为30-35℃。当温度高于45℃时，会引起烧芽”。超过80%的种子可以在破胸后播种。
（6）疏播匀播。直播是将种子直接播种到田间，常规稻播种量37.5kg/hm2，杂交稻播种量18.75kg/hm2，一般比普通秧苗多15%-20%。播种要均匀，播种后要把花蕾埋好。花蕾可以轻轻踩在木板上放进土里，同时做好防鸟防鼠的工作。
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